Eger ha sido habitado desde la Edad de piedra. Durante los primeros siglos de la Edad Media fue habitada por tribus germanas, avaras, y eslavas, cayendo bajo el control de los húngaros en el siglo X. San Esteban (997-1038), primer rey cristiano de Hungría, fundó un sede episcopal en la ciudad. Su primera catedral fue construida en la colina del castillo, dentro del actual recinto fortificado. La población fue creciendo alrededor de la primera catedral y ha seguido siendo un centro religioso importante en Hungría desde su fundación.
El siglo XIV reprentó una época de prosperidad para la ciudad. La actividad vitivinícola, por la cual sigue siendo famosa, comenzó a ser importante en aquella época. En la época renancentista, los obispos de Eger promovieron la construcción de hermosos edificios durante el reinado de rey Matías (1458-1490).
Minarete de Eger.
Durante la ocupación turca de la Hungría central, Eger se convirtió en una importante fortaleza fronteriza, defendida con éxito por las fuerzas húngaras en el sitio de 1552 (menos de 2.000 defensores, incluyendo mujeres y niños, frente a un ejército turco de 80.000 soldados).
Sin embargo, fue atacado nuevamente en 1596 por los turcos, que asumieron el control del castillo tras un breve asedio. Este episodio dio inicio a 91 años de gobierno otomano, en que la ciudad fue el asiento de un vilayet (división administrativa turca). Las iglesias fueron convertidas en mezquitas, el castillo reconstruido, y se erigieron edificaciones como baños públicos y minaretes.
El dominio turco en la Hungría central comenzó a reducirse después del intento fallido de los otomanos de tomar Viena. Los Habsburgo austríacos, que controlaban el resto de Hungría aparte de Transilvania, con constancia expulsaron a los turcos del país. El castillo de Eger, pieza codiciada por el ejército capitaneado por Carlos de Lorena, fue recuperado en 1687, después de que el castillo de Buda hubiera sido vuelto a tomar en 1686.
Castillo de Eger.
Eger pronto comenzó a prosperar otra vez. Reclamada por sus obispos, este hecho fue fundamental para que muchos protestantes locales abandonaran la ciudad. Aunque la ciudad apoyó al líder húngaro príncipe Francisco II Rákóczi en la guerra de independencia frente a los Habsburgo (1703-1711), el ejército imperial derrotó a los magiares.
Poco después, la ciudad sufrió los estragos de las plagas, y la población se recuperó y creció notablemente gracias a una importante inmigración (de 6.000 habitantes en 1725 a 10.000 en 1750). Durante el barroco se erigieron nuevos edificios, tendencia que continuó con el estilo Zopf. Varios ejemplos de estas edificaciones son la catedral, el palacio episcopal, el Salón del Condado, el liceo (actualmente sede de la Universidad Eszterházy) y varias iglesias, mientras que otros fueron reclamadas para que dejasen de ser mezquitas.
El siglo XIX comenzó con varias catástrofes: un incendio que destruyó la mitad de la ciudad en 1800, y el derrumbe de la pared sur del castillo en 1801, que afectó a varias casas colindantes. Eger se convirtió en sede arzobispal en 1804, con el firme control eclesiástico de la ciudad a pesar a pesar de esfuerzos de sus ciudadanos por obtener mayor libertad. En 1827 gran parte del centro de ciudad sufrió un nuevo incendio, y cuatro años más tarde unos 200 habitantes murieron a causa de una epidemia.
La revolución de 1848 fue apoyada con entusiasmo por los habitantes de Eger. Aunque no triunfó, supuso la finalización del régimen feudal de terratenientes y siervos, comportando además la liberación del dominio arzobispal en 1854. Sin embargo, la línea ferroviaria principal entre Miskolc y Pest no pudo pasar a través de la ciudad, sino que tuvo que esperar varios años a que la atravesase un ramal de la línea de Füzesabony.
Tras la primera Guerra Mundial la recuperación económica fue lenta, aunque con la publicación en 1899 del "Eclipse de luna creciente" de Gárdonyi, Eger se hizo popular como destino turístico y se inició la excavación arqueológica del castillo. En la Segunda Guerra Mundial, la ciudad padeció bajo la retirada del ejército alemán y la llegada del soviético, pero consiguió escapar a los bombardeos. Después de la Segunda Guerra Mundial, se construyeron muchos edificios en todas partes de la ciudad. Desde los años setenta empezaron a crecer los bloques de pisos de Felsőváros, los bastiones de Maklári e Hatvani, unos después de otros, y también los de Lajosváros. Desde los años noventa empezaron las edificaciones en los suburbios. También aparecieron las urbanizaciones de Felnémet-Pásztorvölgy, y la de la calle Napsugár.
Eger es hoy una ciudad próspera y un destino turístico popular gracias a su centro urbano barroco.
